天草臨海実験所では従来の臨海実験所の性格を超えて、地球レベルで生物多様性および生物群集の問題を包括的に取り扱うことを大目的としており、ハビタットにとらわれない群集生態学的な研究に取り組んでいる。

　日本における浅海生態研究のメッカたるべき仕事に加え、広範なテーマの研究を行っている。すなわち、多様な分類群が存在する海洋のみならず、陸水および海浜陸上群集をも対象とし、地球上の色々な系を比較検討する事によって、「複数の生物種はどのようにして共存し群集構造を作り上げているか、また群集はどのようにして存続しているのか」を考察している。　

　臨海実験所のある天草下島は雲仙天草国立公園の一部を成し、温帯・亜熱帯性生物相がきわめて豊富である。実験所では、天草のみならず、屋久島・石垣島・沖縄島・西表島等の南西諸島、東南アジア、南太平洋、南アメリカなど生物多様性の高いことで知られる地域を研究対象とした仕事も進めており、国際的な研究活動に力を入れている。ここでは実験所で行われている研究の一部について、その概略を紹介します。