コンクリート２階建（1,027m2）で海岸沿いの敷地に建っている。研究室・実験室１１、海水飼育室３、恒温室２、大実習室、講義セミナー室、図書室、標本室、機器保管室、所長室、事務室、宿直室、機会室、その他３室からなっている。学生実習室は３０名まで受け入れ可能。外来研究者は研究室、海水飼育室の一部を使用することができる。
- 宿舎棟：
- コンクリート２階建（478m2）で本館とやや離れた丘の中腹にある。宿泊室（洋室４、和室２）、厨房、食堂、談話室、浴室、便所、管理人居住区からなり、収容人員は最大３６名である。
- 他に付属建物として、海水揚水ポンプ室、倉庫２、車庫、職員住宅４がある。
- 船舶：
- 実習調査船「セリオラ」（平成１０年建造）、14 トン、FRP 船殻、主機 70
馬力デｲーゼル x 2基、カラー魚群探知機、GPS、レーダー、ウｲンチ（専用補機付）登載、37名乗船可能。ほかに補助船艇２隻、船外機利用可能。
- 車両（外観写真）：
- ステーションワゴン（トヨタ・エスティマ）。
- 図書：
- 海洋科学、海洋生物学、生態学に関する内外の主要雑誌のほか交換による国内・海外研究機関の刊行物約
500種、各種図鑑及び和洋書籍約 1,500 冊 を所蔵する。
- 標本：
- 天草近海の生物標本約 9,000 点を所蔵する。
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