福岡方面から天草臨海実験所に至る第一のルートは、長崎から茂木港を経て船で富岡港に達するもので、福岡−長崎はＪＲ特急で２時間、長崎−茂木間バスで25分、茂木港−富岡港間は高速船で45分を要する。１日に高速船４便が通っている。第二は陸路のみで熊本、天草五橋を経由するもので、福岡から熊本までＪＲ（１時間半）あるいはバス(2時間）、熊本から五橋を経て天草中央部の本渡市（本渡バスセンター）まで高速バスで 2時間20分、さらに路線バス（富岡港行き）を乗り継いで富岡まで70分を要する。船及びバスの終点富岡港から実験所までは徒歩で約7分。自家用車の場合は、福岡から九州縦貫自動車道を利用し、松橋インター、天草五橋を経由すれば、5時間弱で到達できる。

　空路を利用すれば、福岡あるいは熊本から40分弱で天草空港に到達し、そこから実験所のある富岡までバスで1時間弱である。